بووتي مقابل بوا


الاجابه 1:

من عند

قياس أدوات رسم الخرائط بالتسلسل القصير

:

يبدأ Bowtie ببناء مؤشر FM للجينوم المرجعي ثم يستخدم خوارزمية مطابقة Ferragina و Manzini المعدلة للعثور على موقع التعيين. هناك إصداران رئيسيان من Bowtie وهما Bowtie و Bowtie 2. تم تصميم Bowtie 2 بشكل أساسي للتعامل مع القراءات التي تزيد عن 50 بت في الثانية. بالإضافة إلى ذلك ، يدعم Bowtie 2 الميزات التي لا يتم التعامل معها بواسطة Bowtie. لوحظ أن كلا الإصدارين كان لهما أداء مختلف في التجارب. لذلك ، تم تضمين كلا الإصدارين في هذه الدراسة.
BWA هي أداة أخرى قائمة على BWT. تستخدم أداة BWA خوارزمية مطابقة Ferragina و Manzini للعثور على التطابقات المطابقة ، المشابهة لـ Bowtie. للعثور على التطابقات غير الدقيقة ، قدم المؤلفون خوارزمية رجعية جديدة تبحث عن التطابقات بين سلسلة فرعية من الجينوم المرجعي والاستعلام ضمن مسافة محددة معينة.
بالإضافة إلى توفير تقنيات رسم خرائط مختلفة ، تعالج كل أداة مجموعة فرعية فقط من تسلسلات DNA وخصائص تقنيات التسلسل. علاوة على ذلك ، هناك اختلافات في الطريقة التي يتم بها معالجة الميزات ، والتي تم تلخيصها في الجدول 1. على سبيل المثال ، BWA و SOAP و GSNAP تقبل أو ترفض المحاذاة على أساس حساب عدد عدم التطابق بين القراءة والموقف الجينومي المقابل. من ناحية أخرى ، تستخدم Bowtie و MAQ و Novoalign عتبة الجودة (أي درجة المحاذاة) لأداء نفس الوظيفة. يختلف حد الجودة عن جودة التعيين. الأول هو احتمال حدوث تسلسل القراءة بالنظر إلى موقع المحاذاة بينما الأخير هو الاحتمال الخلفي البايزي لصحة موقع المحاذاة المحسوب من جميع المحاذاة الموجودة للقراءة.

الاجابه 2:

أوه ، هل هذا رمي لي. دعني أبدأ بالقول أنه لم يكن لدي أي فكرة عما تعنيه هذه الكلمات أو ما إذا كانت مرتبطة حتى بمجال المعلوماتية الحيوية. ولأنه تم طرح هذا السؤال ، فكنت أتحقق منه لمعرفة شيء جديد.

وما تعلمته هو أن كلاهما عبارة عن محاذاة متسلسلة قصيرة لجينومات كاملة. لهذا السبب لم أكن أعرف. خلال رسالتي في الماجستير (التي كانت منذ العصور القديمة) تعلمنا عن BLAST ومتغيراتها لأداء المحاذاة. أكثر من ذلك تعلمنا المنطق وراء هذه الخوارزميات لتكون قادرة على بناء مثل هذه الأشياء بأنفسنا. الآن ، أعتقد أن هذه المحاذاة تُستخدم لتحليل NGS ولا يمكن مقارنتها بمحرك بحث BLAST المستخدم لغرض مختلف.

لا أعرف بجدية ما يدور في عالم الجينوميات باستثناء CRISPR-CAS.

للإجابة على سؤالك ، لا أعتقد أن لديهم أي اختلاف أساسي كبير إلا أنني أستطيع أن أقرأ أن BWA أبطأ ولكن أكثر دقة من Bowtie. لذا فالأمر متروك لك لتحديد ما يمكنك التخلي عنه بسهولة. هنا ورقة عن بووتي (وصول مفتوح) لذا آمل ألا تكون مشكلة في مشاركتها.

محاذاة فائقة السرعة وفعالة للذاكرة لتسلسلات DNA قصيرة للجينوم البشري

تحقق أيضًا من المناقشة في هذا المنتدى حيث قارنوا بشكل منظم جميع المحاذاة ،

مقارنة بين أجهزة رسم الخرائط NGS المختلفة

آمل أن يساعد.