ألفا حلزون مقابل ورقة مطوي بيتا


الاجابه 1:

اللوالب ألفا وأوراق بيتا هي هياكل ثانوية شائعة في البروتينات. لأكون صادقة ، في المدرسة ، عندما علمت عن هذه الهياكل ، حصل بعض الأشخاص على فكرة خاطئة مفادها أن أوراق بيتا تحتاج إلى وجود اثنين أو أكثر من عديد الببتيدات لوجود روابط هيدروجينية بين الأحماض الأمينية المنفصلة مكانيًا. لم تساعد الصور في الكتب المدرسية في إزالة الالتباس إما لأن كل ما أظهروه كان عدة أجزاء من عديد الببتيدات المستقيمة بجوار بعضها البعض. ومع ذلك ، فإن صفائح بيتا تحدث في نفس سلسلة البولي ببتيد حيث تطوى السلسلة فوق نفسها بشكل متكرر عن طريق المنعطفات والحلقات لتجميع امتدادات من عديد الببتيدات بجوار بعضها البعض. ومع ذلك ، يمكن أن تتكون صفائح بيتا بين امتدادات عديد الببتيدات المختلفة أيضًا (على الرغم من أنها لا يمكن أن تحدث في رواسب ألفا التي تحتاج إلى تسلسل مستمر طويل بما يكفي من الأحماض الأمينية لتشكيل). مثال ممتاز على صفائح بيتا في سلاسل بولي ببتيد مفردة سيكون "براميل بيتا" ، (بنية ثانوية فائقة تتكون من صفائح بيتا كبيرة ملفوفة في هيكل يشبه الأسطوانة مفتوحة النهاية) موجودة في بروتينات الغشاء مثل الأوعية (انظر الشكل التالي من برميل بيتا بورين مع ورقة بيتا باللون الأصفر ، وتمتد ألفا حلزونية حلزونية قصيرة جدًا باللون الأحمر وحلقات تربطها باللون الأخضر).

[عدل]

ملاحظة: من الطرق الجيدة لرؤية هذه التركيبات بنفسك في الأبعاد الثلاثية على جهاز الكمبيوتر تنزيل هياكل البروتينات كملفات .pdb من

بنك معلومات البروتين RCSB

واستخدام برنامج PyMol لرؤيته. عند زيارة موقع RCSB على الويب ، ابحث عن أي بروتين تريده من شريط البحث (سترى العديد من تراكيب هذا البروتين والمطفرات والمتغيرات ، ولكن لا داعي للقلق بشأن ذلك بعد). انقر على أي من أسماء بنية البروتين في نتائج البحث وانقر على "تنزيل الملفات" متبوعًا بـ "تنسيق PDB" لتنزيل ملف صغير جدًا من بنية البروتين تلك بتنسيق .pdb. لفتح هذا الملف ، ستحتاج إلى تنزيل برنامج النمذجة PyMol وتثبيته (يتوفر الإصدار التعليمي المجاني فقط من البرنامج للطلاب وأعضاء هيئة التدريس على حد سواء بعد تسجيل قصير في

التسجيل للاستخدام التعليمي فقط يبني PyMOL

). انقر بزر الماوس الأيمن وافتح ملف .pdb الذي تم تنزيله باستخدام PyMol المثبت. يستغرق الأمر بعض الوقت لتعتاد على التعامل مع البرنامج ، ولكن بمجرد أن تتمكن من القيام بالأساسيات نفسها ، فهي أداة ممتعة للاستخدام. الأزرار "S" و "H" على يمين نافذة الهيكل هي الأزرار الوحيدة التي تحتاج إلى اللعب بها لتتمكن من رؤية تمثيل الرسوم المتحركة كما ترى في الصورة أعلاه. S = إظهار و H = إخفاء. بمجرد فتح الهيكل في Pymol ، انقر فوق "H" متبوعًا بـ "كل شيء" في القائمة المنسدلة. يختفي الهيكل. ثم انقر على "S" متبوعًا بـ "cartoon" في القائمة المنسدلة. وفيولا! ترى البنية المبسطة للبروتين (شيء كما في الشكل أعلاه). يمكنك النقر على الهيكل وسحبه لمشاهدته من زوايا مختلفة. للتكبير / التصغير ، انقر بزر الماوس الأيمن وقم بالتمرير. استمتع كعالم الأحياء الهيكلي الناشئ! :)

آمل أن يكون التفسير أعلاه منطقيًا لك وأن التعليمات سهلة المتابعة.

تحرير: مصدر الشكل: https://en.m.wikipedia.org/wiki/Porin_(protein)


الاجابه 2:

سأضع فقط إجابة قصيرة بعد إجابة لطيفة جدا من نافين. أنا أرى أن حلزون ألفا هو عنصر من البنية الثانوية ، أي أنه يصف الطريقة الأساسية التي يتم بها طي عديد الببتيد وعلى هذا النحو يصف الببتيد الواحد وليس مجموعة من الببتيدات. مجموعة من اللوالب المتفاعلة معًا ستكون مثالاً على البنية الثالثة. حبلا بيتا هي البنية الثانوية البديلة للحلزون ويصف هذا المصطلح تشكيل امتداد واحد من الببتيد. ومع ذلك ، أعتقد أن ورقة بيتا هي مثال على الهيكل الثالث ويمكن أن تتضمن واحدًا أو أكثر من الببتيدات المنفصلة. يمكنك عمل ورقة من الببتيد واحد (برميل بيتا مثال جيد) ولكن يجب أن تكون الخيوط الفردية إما ببتيدات منفصلة أو ببتيد واحد متصل بنوع من الانعطاف. يمكن أن تكون المنعطفات منظمة للغاية وتحتوي عادةً على حمض أميني واحد على الأقل له زوايا phi و psi خارج نطاق اللوالب ألفا أو خيوط بيتا ، مما يكسر البنية الثانوية. يمكن أيضًا ربط السلاسل بمناطق من عديد الببتيد غير المنظم ، مما يكسر أيضًا الهيكل الثانوي. لذا فإن الإجابة الأساسية على سؤالك هي "لا" ، يمكن أن يتكون كل من حلزون ألفا وورقة بيتا من بولي ببتيد واحد لكل منهما ولكن المقارنة ليست واحدة من نوعين من البنية الثانوية ، لذا فهي غير عادلة. إذا أعدت صياغة السؤال "هل تحتوي كل من حلزونات ألفا وخيوط بيتا على ببتيد واحد فقط؟" الاجابه ستكون نعم. آمل أن يساعد هذا ، أستطيع أن أفهم ارتباكك.


الاجابه 3:

اللوالب ألفا وكذلك أوراق بيتا ، وترتيبات غاما (الكروية) والمجالات الأقل تحديدًا هي أجزاء هيكلية من البروتينات المطوية.

غالبًا ما تتكون اللوالب ألفا وأوراق بيتا من بولي ببتيد واحد. هذه تسمى أ

الهيكل الثانوي

.

يمكن تقديم هياكل البروتين في أشكال مختلفة. من الأفضل توضيح توزيع نطاقات ألفا الحلزونية والمجوفة بيتا من خلال مخطط الشريط.

في الليزوزيم ، ترى صورة مليئة بالشريط والفضاء مع اللوالب ألفا ونطاقين من أوراق بيتا كسهام مسطحة (أدناه)

في بروتين مثل deaminase guanine ، ترى حلزونات ألفا البديلة كمجالات متعرجة مميزة ، وأوراق بيتا يرمز إليها أسهم مسطحة ثلاثية الأبعاد ومتداخلة بمجالات أقل تميزًا ، يرمز إليها بالحبال. في هذا البروتين ، تتحد العديد من أوراق بيتا (كل 4) في لوح ورقة بيتا في كل من سلسلتي البولي ببتيد (أدناه ، واحدة حمراء ، والأخرى زرقاء):

يتألف بروتين الفيريتين من بولي ببتيد واحد يحتوي على العديد من المجالات الحلزونية ألفا ، متداخلة بمجالات أقل توصيفًا (أدناه).

إذا كانت حلزونات ألفا وأوراق بيتا عبارة عن مجموعات من مجالات مختلفة من عديد الببتيد ، فإنها تجعل ثانوية وكذلك

الهياكل الجامعية

.

إذا كانت تتكون من مجموعة من المجالات على البولي ببتيدات المختلفة ، فإنها تشكل جزءًا من

هيكل رباعي

.

صورة جيدة لغش بيتا المتكون هو برميل بيتا (انظر في مكان آخر) أو يتم تقديمه على سبيل المثال من خلال transthyretin حيث يمكنك رؤية العديد من المجالات مع 4 مجالات ورقة بيتا (الأسهم المسطحة) في ترتيبات متوازية بشكل وثيق في اتجاهات متناوبة (تسمى مضاد متوازي) ، مما يجعلها معًا هيكل ثلاثي (يسمى الدروع المطوية بيتا) ، مع سلسلة البولي ببتيد الثانية هذه المناطق المسطحة موازية لبعضها البعض ، مما يجعل جزءًا من البنية الرباعية (أدناه).

في مجمع Cdt1-Geminin ، ترى الهياكل الثانوية لمسامير ألفا التي تتدحرج في بعض الأجزاء معًا إلى اللوالب المزدوجة كهيكل ثلاثي للجيمينين. ملاحظة ، لا توجد أوراق بيتا في جيمين (أدناه واحدة خضراء ، زرقاء أخرى):

يتم إعطاء صورة جيدة للحلزون الثلاثي عن طريق الكولاجين ، وهو البروتين الأكثر وفرة في جميع الحيوانات وفي أي مملكة أخرى من الكائنات الحية ، والتي تتكون من ثلاثة حلزون (هياكل ثانوية بما في ذلك الانحناء المتدهور بالإضافة إلى بنية ثالثة) تدور حولها بشكل وثيق بعضها البعض ، مما أدى إلى حلزون ثلاثي اليد اليمنى ، في تركيبة هيكل رباعي. ولكن من المضلل إلى حد ما إظهار الكولاجين هنا لأن هذه اللوالب ليست حلويات ألفا. خلافا لمسامير ألفا اليمنى ، فإن وحدات الكولاجين الفرعية هي سلاسل "الكولاجين" اليسرى! لذلك لا يوجد ألفا ولا بيتا ولا نطاقات غاما في ccollagen ، على الرغم من أنه يتم في أشد طريقة مرتبة (انظر أدناه):

للتوصل إلى استنتاج للسؤال المطروح:

  • يمكن أن تبقى أوراق مطوية بيتا لأنفسهم ولكن غالبًا ما تنخرط في ترتيبات أربعة أوراق بيتا غير متوازية (البنية الثالثة) لنطاقات ورقة بيتا (الهيكل الثانوي) ، والتي يمكن في بعض الأحيان ترتيبها بشكل متوازٍ مع الهياكل المماثلة للوحدات الفرعية الأخرى في البنية الرباعية.
  • نادرًا ما تُعرف المجالات الحلزونية ألفا (البنية الثانوية) إلا بالاشتراك في التداخل مع المجالات المنظمة المماثلة داخل البولي ببتيد (البنية الثلاثية) أو الجلوس على وحدة فرعية أخرى (البنية الرباعية).
  • الجواب الصحيح للسؤال هو: لا ، ولكن نادرًا جدًا.

أخيرا أريد أن أعرض وجهة نظر أكثر تعقيدا حيث تحتاج للذهاب بينهما لفهم أفضل لترتيب

فيروس اللوبيا الصفراوية اللوبيا

. قشرة البروتين ، أو

قابس

، يتكون من

ذوات الوجوه

ترتيبات الوحدات الفرعية البروتينية المتطابقة (أدناه):

ملاحظة: يمكن البحث عن أي مصطلح معين في ويكيبيديا في لغتك التي تختارها.


الاجابه 4:

أكيد. ما عليك سوى إلقاء نظرة على c-src. الكثير من اللوالب والصفائح في هذا واحد.

2SRC: هيكل كريستال التيروزين البروتيني كيناز C-SRC ، في مركب مع AMP-PNP 3D عرض صفحة التقرير